保税区和综合保税区的功能定位不同，涉及的税收政策也有明显差别。

保税区和综合保税区虽然都是海关特殊监管区域，但功能定位却有所不同，特别是对于销售货物进入到这两个特殊监管区域的企业而言，存在如何享受出口退（免）税的差别。

保税区是为了发展对外贸易和转口贸易，借鉴参照国外自由贸易园区而设立的经济区域，是我国最早出现的海关特殊监管区域。1990年起，为配合沿海开放战略，国务院在上海、天津、深圳等13个沿海开放城市逐步设立了15个保税区。保税区的功能定位为“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能。（淡然退税注-截止2024年9月份还有5个保税区如下：大连保税区、上海外高桥保税区、宁波保税区、福田保税区、珠海保税区）

综合保税区，是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策，集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。2006年12月，国务院正式批准设立“苏州工业园综合保税区”，明确综合保税区享受保税港区的有关税收、外汇政策。综合保税区是在保税区之后出现的，其功能定位延续了保税区的特点，但又与其有不同之处。

尤其需要注意的是，保税区和综合保税区均是基于“两头在外”的特殊区域定位而设立的，以鼓励出口为导向，在税收政策的适用上，两者既有相同又有区别。

相同之处具体表现在三个方面：一是保税政策。对保税区或综合保税区内企业为开展加工、物流、服务等业务而进口的原材料、零部件、物料等货物实行保税，不征收进口环节增值税、消费税和关税；二是免税政策。区内货物自由流转，不征收增值税和消费税。免税货物包括基础设施建设项目所需的机器、设备和其他物资，开展加工、服务、物流等业务所需的机器、设备、模具及其维修用零配件等。除了自用的运输工具和生活消费用品不予免税外，区内企业自用合理数量的办公用品及其所需的维修用零配件，免征进口关税和进口环节增值税与消费税；三是征税政策。货物出区进入境内，按货物进口的有关规定，办理报关征税手续。

二者的不同点，更多体现在出口退税政策上。保税区实行“离境退税”政策，综合保税区实行“入区退税”政策。根据《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税〔2012〕39号）规定，出口企业经海关报关进入国家批准的出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、珠澳跨境工业区（珠海园区）、中哈霍尔果斯国际边境合作中心（中方配套区域）、保税物流中心（B型）（以下统称特殊区域）并销售给特殊区域内单位或境外单位、个人的出口货物，应视同出口，实行“入区退税”政策，可以直接申报出口退（免）税，无须提供出境货物备案清单。换句话说，出口企业将货物运送至上述7类特殊区域后，无论是在区内进行销售，还是出口至境外，都可以申请出口退（免）税。

通过仔细分析不难看出，保税区并不在上述7类特殊区域范围内。这也意味着进入保税区的货物不能视同出口，不享受“入区退税”政策，而是要到实际离境时，才能按照出口货物申请出口退（免）税。

通常来说，出口企业通过保税区将货物销售给境外单位、个人的业务模式是：出口企业在与境外单位、个人签订买卖合同后，会将货物运入保税区，境外单位、个人购入货物后，将委托保税区内的仓储企业代为存放。货物实际离境时，由仓储企业为境外单位、个人办理报关手续。海关在货物全部离境后，签发进入保税区的出口货物报关单，税务部门相应为出口企业办理出口退（免）税。需要注意的是，保税区外的企业申报出口退（免）税时，还须提供仓储企业的出境货物备案清单。